Jonathan Galván llegó en el mercado de invierno del 2017, cuando todo hacía indicar que Germán Conti sería vendido al exterior, ya que tenía varias ofertas tentadoras para emigrar a Europa. Los dirigentes sabaleros hicieron una inversión de 1.000.000 de dólares, y luego que el Flaco decidiera quedarse, el ex-Aldosivi debió pelear por un puesto, aunque nunca pudo demostrar el nivel que mostró en su anterior club.

Pero antes que termine la temporada 2017/2018 sufrió la rotura de ligamentos cruzados de su rodilla izquierda. Así lo dio a conocer en un pequeño comunicado que fue firmado por el doctor Eduardo Vega y el Sanatorio Santa Fe: “En el día de la fecha, el jugador Jonatan Galván sufrió un esguince en su rodilla izquierda, el cual luego de ser examinado por los profesionales del plantel, y realizarse una resonancia nuclear magnética en el Centro Diagnóstico del grupo Santa Fe, se constató la ruptura del ligamento cruzado anterior de dicha rodilla, por lo que, realizando los exámenes necesarios, se someterá a una intervención quirúrgica en los próximos días”. El defensor tuvo una larga recuperación y recién estaba dando sus primeros pasos con la Reserva para tomar ritmo futbolístico. Incluso fue titular en el partido de ida de la final de la Copa Santa Fe ante Unión de Sunchales, aunque luego no fue más requerida por Esteban Fuertes.